Доступность и уникальность сослужили плохую службу Ольхону. Антропогенная нагрузка, особенно на западное побережье острова, превышает все разумные пределы. Степная часть острова страдает от автотранспорта — водители не считают нужным придерживаться дорожной колеи. Это приводит к сильной эрозии почвы. Впрочем, свою лепту в уничтожение уникальной природы Ольхона в большей или меньшей степени вносят все, начиная от вандалов, оттачивающих художественное мастерство на ольхонских скалах и заканчивая археологами, не особенно усердствующими в сокрытии следов своих раскопок. В последние годы на острове участились пожары.