На территории острова Ольхон находится несколько памятников природы, охраняемых государством, хотя весь Ольхон уже пора объявить памятником природы и начать действительно охранять. 
Самый известный памятник природы Байкала — Шаманский мыс, он же мыс Бурхан, относится к природно-историческим памятникам. Бурхан расположен в средней части северного побережья Ольхона на окраине поселка Хужир. Изображение мыса фактически стало визитной карточкой Байкала.
Не менее живописны ландшафтные памятники природы: мыс Саган-Хушун — великолепный беломраморный мыс в северной части Ольхона, и мыс Хобой, венчающий северную оконечность острова.
Эффектный мыс Кобылья Голова, омываемый с одной стороны водами Малого Моря, а с другой — водами пролива Ольхонские ворота, объявлен геологическим и геоморфологическим памятником природы.
Ботанические памятники представлены реликтовым ельником на западном склоне горы Жима. Ельник обнаружен в 1965 году краеведом и учителем географии хужирской школы Николаем Михайловичем Ревякиным. Уникальность ельника заключается в том, что он сохранился с ледникового периода и выжил, несмотря на засушливый климат Ольхона, благодаря наличию подпочвенных вод.
Под охраной находятся и другие памятники, имеющие научное значение: геологические и геоморфологические памятники — бухты Харанса и Харалдайская, мыс Саса, урочище Песчанка, ландшафтные памятники природы — бухты Загли и Тагай, урочище Баян-Шунген.