Самые теплые месяцы на Ольхоне — июль и август. Зима довольно мягкая и малоснежная, но более длинная, чем на материке. Весна и лето наступают позднее, чем на материке. На острове Ольхон выпадает очень малое количество осадков, около 200 мм в год — норма для полупустынь. Южная и юго-западная части острова — самые сухие места не только на Ольхоне, но и на всем Байкале. Виной тому — Приморский хребет, через который переваливают воздушные массы по пути к Ольхону. Преодолевая хребет и скатываясь в байкальскую котловину, они нагреваются, что приводит к падению относительной влажности. В итоге, дожди, предназначавшиеся Ольхону, выпадают на восточном побережье Байкала. Обычный ольхонский дождь — это десять капель в час, но случаются на Ольхоне и очень сильные дожди, и затяжные ненастья.
Ветер на Ольхоне дует часто и подолгу, при этом преобладают ветры северо-западного направления. Среднее количество дней с ветром более 15 м/с равно 148. Благодаря тому, что Ольхон вытянут вдоль Приморского хребта, сам являясь его отрогом, остров испытывает на себе всю силу горного ветра, включая самую свирепую его разновидность — сарму